ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രത്തിലെ ഭഗവതിനടയിൽ തൊഴുത് പ്രദക്ഷിണം വച്ച് ശ്രീകോവിലിന്റെ വടക്കുകിഴക്കേമൂലയിലെത്തുമ്പോൾ വടക്കുപടിഞ്ഞാറുഭാഗത്തേയ്ക്ക് നോക്കിത്തൊഴുന്നതിന്റെ ഐതീഹ്യം
പണ്ട്, പദ്മകല്പത്തിന്റെ ആദിയിൽ, സൃഷ്ടികർമ്മത്തിലേർപ്പെട്ടുകൊണ്ടിരിയ്ക്കുകയായിരുന്ന ബ്രഹ്മാവിനുമുന്നിൽ മഹാവിഷ്ണു പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു. തനിയ്ക്കും തന്റെ സൃഷ്ടികൾക്കും കർമ്മബന്ധം കൂടാതെ മുക്തിപ്രഭാവമുണ്ടാകാൻ ഒരു അവസരം വേണമെന്ന് ബ്രഹ്മാവ് അഭ്യർത്ഥിച്ചപ്പോൾ മഹാവിഷ്ണു തന്റേതുതന്നെയായ ഒരു വിഗ്രഹം തീർത്ത് അദ്ദേഹത്തിന് സമ്മാനിച്ചു. പിന്നീട് വരാഹകല്പത്തിൽ സന്താനസൗഭാഗ്യത്തിനായി മഹാവിഷ്ണുവിനെ ഭജിച്ചുവന്ന സുതപസ്സ് എന്ന രാജാവും പത്നിയായ പ്രശ്നിയും ബ്രഹ്മാവിൽനിന്ന് ഈ വിഗ്രഹം കരസ്ഥമാക്കി. അവരുടെ പ്രാർത്ഥനയിൽ സംപ്രീതനായി അവർക്കുമുമ്പിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു. പുത്രൻ വേണമെന്ന് മൂന്നു പ്രാവശ്യം പ്രാർത്ഥിച്ചു .തഥാസ്തു എന്ന് പറഞ്ഞു ഭഗവൻ അവരെ അനുഗ്രഹിച്ചു. ഭഗവാൻ താൻ തന്നെ മൂന്നു ജന്മങ്ങളിൽ അവരുടെ മകനായി അവതരിയ്ക്കാമെന്ന് അരുൾ ചെയ്തു. തുടർന്ന് സത്യയുഗത്തിലെ ആദ്യജന്മത്തിൽ ഭഗവാൻ സുതപസ്സിന്റെയും പ്രശ്നിയുടെയും പുത്രനായി പ്രശ്നിഗർഭൻ എന്ന പേരിൽ അവതരിച്ചു. പിന്നീട് സുതപസ്സും പ്രശ്നിയും കശ്യപനും അദിതിയുമായി പുനർജനിച്ചപ്പോൾ ത്രേതായുഗത്തിലെ രണ്ടാം ജന്മത്തിൽ ഭഗവാൻ അവരുടെ പുത്രനായി വാമനൻ എന്ന പേരിൽ അവതരിച്ചു. തുടർന്ന് ദ്വാപരയുഗത്തിൽ അവർ വസുദേവരും ദേവകിയുമായി പുനർജനിച്ചപ്പോൾ ഭഗവാൻ അവരുടെ പുത്രനായി ശ്രീകൃഷ്ണൻ എന്ന പേരിൽ അവതരിച്ചു. ഈ മൂന്നുജന്മങ്ങളിലും അവർക്ക് മേല്പറഞ്ഞ വിഗ്രഹം പൂജിയ്ക്കാനുള്ള ഭാഗ്യമുണ്ടായി.
തുടർന്ന് അവതാരമൂർത്തി തന്നെയായ ശ്രീകൃഷ്ണഭഗവാൻ ഈ വിഗ്രഹം മഥുരയിൽ നിന്ന് ദ്വാരകയിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുപോയി. അവിടെ അദ്ദേഹം ഒരു ക്ഷേത്രം പണിത് ഈ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. എന്നും രാവിലെ അദ്ദേഹം പത്നിമാരായ രുഗ്മണിയ്ക്കും സത്യഭാമയ്ക്കുമൊപ്പം ക്ഷേത്രദർശനം നടത്തിയിരുന്നു. ഒടുവിൽ ദ്വാപരയുഗം കഴിഞ്ഞ് ഭഗവാൻ സ്വർഗ്ഗാരോഹണത്തിനൊരുങ്ങുമ്പോൾ തന്റെ ഭക്തനായ ഉദ്ധവരോട് താൻ പൂജിച്ച വിഗ്രഹമൊഴികെ മറ്റെല്ലാം നശിയ്ക്കുന്ന ഒരു പ്രളയം ഏഴുദിവസം കഴിഞ്ഞുണ്ടാകുമെന്നും അതിൽ രക്ഷപ്പെടുന്ന വിഗ്രഹം ദേവഗുരുവായ ബൃഹസ്പതിയെയും വായുദേവനെയുംഏല്പിയ്ക്കണമെന്നും അറിയിച്ചു. ഉദ്ധവർ പറഞ്ഞതുപോലെത്തന്നെ ചെയ്തു. കടലിൽനിന്ന് പൊക്കിയെടുത്ത വിഗ്രഹവുമായി ബൃഹസ്പതിയും വായുദേവനും സഞ്ചരിയ്ക്കുന്ന വഴിയിൽ ഭാർഗ്ഗവക്ഷേത്രത്തിൽ ഒരിടത്തെത്തിയപ്പോൾ പാർവ്വതീപരമേശ്വരന്മാരുടെ താണ്ഡവനൃത്തം ദർശിച്ചു. തുടർന്ന് അവരുടെ അനുമതിയോടെ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. ഗുരുവായ ബൃഹസ്പതിയും വായുദേവനും ചേർന്ന് മഹാവിഷ്ണുപ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയ സ്ഥലം ഗുരുവായൂരും അവിടത്തെ പ്രതിഷ്ഠ ഗുരുവായൂരപ്പനുമായി മാറി. ഈ പുണ്യമുഹൂർത്തത്തിൽ പങ്കെടുത്ത പാർവ്വതീപരമേശ്വരന്മാർ പിന്നീട് ശക്തിപഞ്ചാക്ഷരീധ്യാനരൂപത്തോടെ മമ്മിയൂരിൽ സ്വയംഭൂവായി അവതരിച്ചു. ഇന്ന് ഗുരുവായൂരിൽ പോകുന്ന ഭക്തർ മമ്മിയൂരിലും പോയാലേ യാത്ര പൂർണ്ണമാകൂ എന്ന് പറയുന്നതിന് കാരണം ഇതുതന്നെ. ഇതിന് കഴിയാത്തവർ ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രത്തിലെ ഭഗവതിനടയിൽ തൊഴുത് പ്രദക്ഷിണം വച്ച് ശ്രീകോവിലിന്റെ വടക്കുകിഴക്കേമൂലയിലെത്തുമ്പോൾ വടക്കുപടിഞ്ഞാറുഭാഗത്തേയ്ക്ക് നോക്കിത്തൊഴുന്നു.